A Presidência é exercida pelo Pastor Presidente, pelo Pastor 1º Vice Presidente e pelo Pastor 2º Vice Presidente, de forma compartilhada. O mandato é de 4 anos.

Cabe à Presidência - ao Pastor Presidente em especial - coordenar a atividade eclesiástica da IECLB, zelando por sua unidade e identidade confessional, orientar o trabalho dos sínodos, departamentos e instituições da Igreja em direção a uma cooperação harmônica e dinâmica, supervisionar os diversos órgãos da Igreja, dando-lhes impulsos para melhorar o seu serviço, exercer as relações da IECLB com outras entidades religiosas, civis e governamentais, manifestar-se publicamente a respeito de questões teológicas e da atualidade.

Na coordenação da atividade eclesiástica da IECLB, o Pastor Presidente conta com os Pastores e Presidentes Sinodais para assessorá-lo em questões como: unidade da Igreja, posicionamentos e manifestações de cunho teológico, na avaliação de programas e atividades da Igreja, na orientação sobre liturgia.