A gestão administrativa no Sínodo Mato Grosso é feita pelo Conselho Sinodal e sua Diretoria, com o apoio da secretaria executiva.

Diretoria do Sínodo:
Presidente: Ari Schneider Sobrinho
Vice-Presidente: Cristiano Frank Priesnitz
Secretária: Eliane Georg
Vice-Secretário: Neusa Maria Fritschi Botini
Tesoureira: Dilair Cilois Scheuermann
Vice Tesoureiro: Armando Schanoski
  

Conselho Fiscal do Sínodo:
Titulares: André Becker, Paul Hoffmann e Ingo Groeler.
Suplentes: Elimar Bins e Margit Roewer

Presidência Assembleia Sinodal:
Presidente: Edmar Witter
1º Vice-Presidente da Assembleia Sinodal: Marcos Jahnel
2º Vice-Presidente da Assembleia Sinodal: Gibson Araújo Mansilla