O Sínodo tem a responsabilidade de planejar e coordenar o trabalho da Igreja na sua área e de executar as decisões e metas decididas pelo Concílio. Para efetivar, realmente essa tarefa, a Assembléia Sinodal de setembro de 2006 formou o Conselho de Missão. Cabendo-lhe deliberar sobre a missão de Deus através do Sínodo da Amazônia e, respectivamente, seus Campos de Atividade Ministerial. O grupo tem a responsabilidade de examinar o contexto de cada área de missão, refletir sobre suas reais condições e com ponderação encaminhar ao Conselho Sinodal propostas dar encaminhamento missionário. Assim, em setembro de 2007 foi presentado o Projeto Sinodal de Missão 2008 - 2012.
Este com o objetivo geral de somar todos os esforços possíveis no Sínodo, entre os Sínodos e na IECLB na manutenção dos serviços missionários existentes e na ampliação da presença missionária da Igreja nas escolas e áreas longínquas.
Partindo da reflexão de que a missão é a essência e o sentido do ser Igreja, olhamos os nossos desafios e os colocamos ao lado das nossas forças, instrumentos e capacidades para que a missão aconteça no Sínodo.
Frente ao contexto constata-se a necessidade de estabelecer parcerias para fortalecer as debilidades, animar as comunidades e somar esforços na reflexão, conscientização e efetivação da IECLB como “Igreja de Jesus Cristo no País.
O Sínodo da Amazônia vai ao encontro de outros Sínodos e estabelece parcerias.
Parceria como relação de colaboração com vista à efetivação da Missão de Deus entre e através de nós. Parceria, que nasceu da fé em Jesus Cristo. Parceria de comunhão na mesma paixão que é a Missão de Deus. Viver pela nossa paixão é a essência da Igreja. Parceria implica em preparação e organização da relação. Em formular um compromisso mútuo entre parceiros definidos na busca de intercâmbio, partilha de dons e cooperação. Parceria não deve ser confundida com apadrinhamento. Exclui o pensamento paternalista. Realiza-se antes de igual para igual respeitando as diferenças entre as partes.
As parcerias com as grandes paróquias do Sínodo da Amazônia, com o Norte Catarinense, Vale do Taquari, Rio dos Sinos e, mais recentemente, o Nordeste Gaúcho e o Centro-Sul Catarinense e, a consequente melhoria do nosso Fundo de Missão, que auxilia financeiramente 8 campos de atividade ministerial. Nesta caminhada parceira, realizamos com êxito a 3ª Ação Sinodal no Vale do Taquari. Abrimos uma janela para as comunidades que, com mapas, fotos, puderam viajar pela Amazônia e conhecer a sua Igreja no norte do Brasil.