Desde a implantação da estrutura em 1998 o Conselho da Igreja elegeu entre os seus membros as seguintes diretorias:

Gestão do Conselho:1998-2002

Diretoria 1998-2002

Presidente: Helio Erni Walber (Centro-Sul Catarinense)
Vice-Presidente: P. Dalcido Gaulke (Sínodo Vale do Taquari)
1º Secretário: P. Altemir Labes (Sínodo Nordeste Gaúcho)
2º Secretário: Ivo Öchsler (Sínodo Norte Catarinense)

Diretoria 2000-2002:

Presidente: Helio Erni Walber (Sínodo Centro-Sul Catarinense)
Vice-Presidente: Pª Mariane Beyer Ehrat (Vale do Itajaí)
1º Secretário: P. Altemir Labes (Sínodo Nordeste Gaúcho)
2º Secretário: Arri Koch (Sínodo Uruguai)
 

Gestão do Conselho: 2002-2006

Diretoria 2002-2004:

Presidente: Luiz Artur Eichholz (Sínodo Planalto Rio-Grandense
Vice-Presidente: P. Altemir Labes (Sínodo Nordeste Gaúcho)
1º Secretário: P. Valdim Utech (Sínodo Vale do Itajaí)
2ª Secretária: Mirtis Preuss (Sínodo Centro-Campanha-Sul)

Diretoria 2004-2006

Presidente: Luiz Artur Eichholz (Sínodo Planalto Rio-Grandense)
Vice-Presidente: P. Valdim Utech (Sínodo Vale do Itajaí)
1º Secretário: P. Teobaldo Witter (Sínodo Mato Grosso)
2ª. Secretária: Mirtis Preuss (Sínodo Centro-Campanha-Sul)

Gestão do Conselho 2006-2010

Diretoria 2006-2008:

Presidente: Milton Laske (Sínodo Centro-Sul Catarinense)
Vice-Presidente: Otávio Schüler (Sínodo Vale do Taquari)
1º Secretário: Dalcido Gaulke (Sínodo Uruguai)
2º Secretário: Ricardo Dalla Barba (Sínodo Brasil Central)

Diretoria 2008-2010:

Presidente: Milton Laske (Sínodo Centro-Sul Catarinense)
Vice-Presidente: Otávio Schüler (Sínodo Vale do Taquari)
1º Secretário: P. Joaninho Borchardt (Sínodo Espírito Santo a Belém)
2º Secretário: Ricardo Dalla Barba  (Sínodo Brasil Central)
 

Gestão do Conselho 2010-2014

Diretoria 2010-2012:

Presidente: Otávio Schüler (Sínodo Vale do Taquari)
Vice-Presidente: Léa Stange de Oliveira (Sínodo Vale do Itajaí)
Secretária: Pa. Regene Lamb (Sínodo Centro-Campanha-Sul)
Vice-secretário: Almiro Wilbert (Sínodo Sudeste)