O Concílio é o maior fórum da IECLB. Ele reúne representantes sinodais e de setores de atuação em torno das grandes questões da igreja.
Cabe aos representantes no Concílio, juntamente com os demais integrantes:
• promover o debate e a reflexão sobre os temas fundamentais de interesse da Igreja, visando fortalecer e aprofundar a comunhão entre as Comunidades, Paróquias e Sínodos na sua ação evangelizadora, missionária, diaconal e catequética;
• propiciar condições que facilitem aos membros das Comunidades o exercício dos seus dons na missão da Igreja, na perspectiva do sacerdócio geral de todos os crentes e do ministério compartilhado;
• estabelecer planos de ação para atuação da Igreja no território brasileiro e para a sua atividade missionária no exterior;
• criar condições para que Ministros, Ministras e colaboradores voluntários recebam formação adequada para atuação nos seus diferentes campos de trabalho;
• estabelecer diretrizes para o exercício do ministério eclesiástico e para a subsistência ministerial;
• fixar as diretrizes que assegurem, entre as Comunidades, Paróquias e Sínodos, a unidade doutrinária e a identidade confessional da IECLB;
• receber e avaliar os relatórios do Presidente do Conselho da Igreja, do Pastor/a Presidente e do Secretário/a-Geral;
• zelar para que a ordem e a disciplina evangélica sejam observadas por suas Comunidades, seus membros, Ministros, Ministras e setores de atuação;
• decidir sobre toda e qualquer matéria de interesse da Igreja;
• eleger o/a Presidente, Primeiro Vice-Presidente e Segundo Vice-Presidente do Concílio;
• eleger o Pastor/a Presidente e os Pastores/as 1º e 2º Vice-Presidentes da IECLB.
• realizar as demais eleições previstas nos documentos normativos da Igreja.
• alterar disposições da Constituição e aprovar o Regimento Interno e demais documentos normativos da IECLB;
• aprovar a criação e a extinção de Sínodos e estabelecer critérios gerais para subdivisões e alterações das áreas que os constituem;
• aprovar o orçamento para o exercício seguinte.
• aprovar o Balanço Geral;
• avaliar as decisões tomadas pelo Conselho da Igreja, em caráter de urgência, ad referendum do Concílio;
O Concílio é presidido por um Presidente e conta com a assessoria de dois Vice-Presidentes. Acontece de dois em dois anos.