O contato de luteranos com os povos originários do Brasil seguiu os moldes das relações estabelecidas de um modo geral pela cultura européia. Emblemática é a história de Hans Staden - conhecido como primeiro luterano em terras brasileiras – prisioneiro da tribo dos tupinambás na região de Ubatuba/SP. As relações tiveram um caráter bastante ambíguo e esta ambigüidade foi assimilada acriticamente pelos membros que formaram as primeiras comunidades evangélicas luteranas no Brasil. Projetos de colonização patrocinados pelo Estado concederam ou venderam terras habitadas por indígenas a agricultores, constituindo-se este fato na causa primeira de situações agudas de tensão e conflito ainda hoje existentes entre indígenas e agricultores, entre eles também membros da IECLB.
A partir da metade do século passado aconteceram algumas iniciativas pastorais que procuraram estabelecer uma relação mais respeitosa com os povos originários, quebrando preconceitos historicamente arraigados. Assim, surgem, espalhados pelo Brasil, trabalhos que se envolvem com a educação bilíngüe, com questões relacionadas à saúde das tribos, com a demarcação das terras, com a preservação da cultura e o fortalecimento da cidadania ou florestania.
Todas estas frentes de trabalho são coordenadas pelo Conselho de Missão entre os Índios – COMIN, criado pela direção da Igreja no início dos anos oitenta do século passado. O COMIN desenvolve um intercâmbio de experiências entre os seus colaboradores e com organismos congêneres de outras igrejas cristãs.
