A Federação Sinodal tivera como seu primeiro presidente o P. Hermann Dohms. Com o seu falecimento em 1958, o P. Ernesto Theophilo Schlieper assumiu a função até o ano de 1969. Na estrutura em vigor, não centralizada, os sínodos continuavam a ter autonomia jurídico-administrativa, mas a Igreja passou a exercer funções eclesiais em nome dos sínodos que a constituíam. Coube ao Pastor Ernesto Schlieper coordenar o processo de transição.
O período foi marcado por um trabalho intenso de formação na área da Juventude Evangélica (Escolas de Líderes) e com estudantes universitários, apoio à Ordem Auxiliadora de Senhoras Evangélicas (OASE), Legião Evangélica, Música Sacra e Educação (Escolas Evangélicas), implementação da Academia Evangélica, criação do Serviço de Projetos e Desenvolvimento com a dinamização da área da Diaconia, impulsos na Missão e Evangelização, edição de revistas, jornais e programas de rádio, fortalecimento da Faculdade de Teologia e a formação de obreiros brasileiros, abertura ao ecumenismo brasileiro, enfim, toda uma gama de ações e iniciativas que conformaram o rosto de uma igreja nacional e contextualizada.
Este processo de intensa atividade integrada culminou na extinção dos sínodos no Concílio Eclesiástico Extraordinário, realizado em Santo Amaro – São Paulo/SP em outubro de 1968. Surgia, assim, um corpo eclesiástico com estrutura centralizada com sede administrativa em Porto Alegre/RS. A partir de sua nova Constituição a Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil foi dividida em 4 Regiões Eclesiásticas e 21 Distritos Eclesiásticos. Esta estrutura perdurou até o ano de 1997.
Com o falecimento do Pastor Ernesto Schlieper em 1969 o Pastor Karl Gottschald assume a presidência da Igreja. Em sua gestão a Igreja enfrentou desafios advindos de seu ser-igreja-no-Brasil. As crises políticas, sociais e econômicas do país tiveram reflexos na vida da Igreja. Para dar conta desta situação foi criada a Comissão de Estudos Sócio-Econômicos e Políticos. Sua tarefa foi a de se ocupar com assuntos rurais e político-sociais e assessorar a direção da Igreja nesta área.
A transferência de Porto Alegre/RS para Evian/França da V Assembléia Geral da Federação Luterana Mundial, em 1970, em protesto pela violação dos direitos humanos no Brasil, significou uma enorme crise na Igreja. O VII Concílio Geral da Igreja, reunido no mesmo ano em Curitiba, emitiu um documento denominado “Manifesto de Curitiba” em que a Igreja apresenta uma série de teses sobre as relações Igreja-Estado e reflete sobre o caráter do culto cristão, ensino cristão e educação moral e cívica e os direitos humanos.
Em 1972 o VIII Concílio Geral da Igreja, realizado em Panambi, aprovou o “Guia da vida comunitária na IECLB – Nossa Fé – Nossa Vida”. Ele apresentou o consenso em torno da autocompreensão de igreja, ministérios e vida pastoral. Além disso, o mesmo concílio tomou medida de enormes conseqüências para o futuro da Igreja. Criou um programa de acompanhamento aos membros migrantes do sul do Brasil para as Novas Áreas de Colonização (Mato Grosso e Rondônia) e também implementou o trabalho de Missão Suburbana em grandes cidades brasileiras (Porto Alegre, Joinville, Curitiba, São Paulo e Rio de Janeiro).
A constatação da necessidade do envolvimento da pessoa em um processo de aprendizagem e confronto constante com o Evangelho a partir do qual se oportuniza a participação ativa das pessoas na missão de Cristo e também possibilita uma autêntica vivência do discipulado, em testemunho e serviço no mundo, levou a Igreja a aprovar em 1974, no IX Concílio Geral um programa denominado “Discipulado Permanente - Catecumenato Permanente”. Objetivou-se a instauração de um processo de atuação da Igreja que visa a maturidade do cristão, isto é, a sua libertação integral em Cristo, para a vivência do Evangelho em comunhão e conseqüente ação responsável no mundo. Neste mesmo concílio a Igreja aprova outro documento chamado “Nossa Responsabilidade Social”. Ele procurou despertar a responsabilidade e a ação social dos membros das comunidades e as motivou para ação diaconal mais efetiva na sociedade.
Diante da carência de pastores para as comunidades a direção da Igreja criou um Curso Intensivo de Teologia voltado para o que se chamou “vocações tardias”. Até a década de setenta grande parte dos pastores vinham do exterior. Anteriormente havia sido celebrado um convênio com a American Lutheran Church (Igreja Luterana Americana) para o intercâmbio de pastores. Os resultados quanto à auto-suficiência de quadros pastorais começam a aparecer nos anos oitenta do século passado graças ao ingresso de um grande número de estudantes na Faculdade de Teologia em São Leopoldo/RS.
O processo de redemocratização tem sua incidência no interior da Igreja. Os debates em torno da temática da anistia, da terra, da questão indígena levam a pronunciamentos públicos e à implementação de novas ações. A Mensagem de Natal do Conselho Diretor em 1978 sobre a Anistia, a criação do Centro de Apoio ao Pequeno Agricultor (CAPA), do Conselho de Missão entre Índios, a incorporação de reflexões temáticas anuais (Temas do Ano) são fruto deste período.
A diversidade teológica também se faz sentir de forma nova no conjunto da Igreja. Tensões e conflitos acontecem no interior de comunidades, entre ministros/as e destes/as com a direção da Igreja. Visões distintas em torno da compreensão da missão, da formação e do papel da Igreja na sociedade criaram polarizações. A busca da unidade na pluralidade exigiu muita energia por parte das lideranças. Com base nesta pluralidade a Igreja reconheceu novos centros de formação teológica.
A insatisfação com a centralização administrativa da Igreja fez com que na década de oitenta se fizessem estudos para uma reestruturação. Esta viria acontecer em 1997. A partir dela os distritos e as regiões eclesiásticas foram dissolvidas. A descentralização aconteceu mediante a criação de 18 sínodos.
