Die Synoden waren in Rechts- und Verwaltungsfragen unabhängig voneinander. Sie wirkten als eigenständige Kirchen. Die enormen Schwierigkeiten, mit welchen sie während des 2. Weltkrieges fertigwerden mussten (Gefangennahme von Pastoren, Gottesdienste durften nicht in deutscher Sprache gehalten werden, Konfiszierung von Gesangbüchern und Bibeln, usw.) bewirkten, dass man sich um die Einführung einer Einrichtung zur theologischen Ausbildung in Brasilien bemühte. In der Zeit vor dem Weltkrieg wurden die Pastoren aus Deutschland nach Brasilien entsandt oder brasilianische Studenten legten ihr Theologiestudium in Deutschland ab.
Im Jahr 1946 wurde dann die Theologische Fakultät in São Leopoldo gegründet. Es war ein gemeinsames Unternehmen aller Synoden. Die notwendigen Verhandlungen zur Erlangung des Ziels trugen dazu bei, dass sich die leitenden Personen der Synoden näherkamen und schlieβlich, am 26. Oktober 1946, die „Federação Sinodal“ bildeten. Ein Bruch zur traditionellen „Theologie der Ethnie“ (enge Verbindung zwischen Kirche und Deutschtum) war notwendig. Auch musste eine klare Bestimmung eines Glaubensbekenntnisses festgelegt werden.
Artikel II der Grundordnung der “Federação Sinodal“ besagte folgendes: „Grundsatz der Federação Sinodal ist das Evangelium Jesu Christi, wie es in der heiligen Schrift des Alten und Neuen Testaments steht. Diesen Grundsatz anerkennend, bekennen die Mitglieder der Federação ihren Glauben im Herrn der universalen, einen, heiligen, apostolischen Kirche. Die Federação Sinodal bekennt ihren Glauben in den Bekenntnissen der alten Kirche und der Confessio Augustana als Reformationsbekenntnis und erachtet sich durch den Glauben als der Mutterkirche zugehörig (...) sowie den anderen Kirchen auf der Welt, die letzterer durch dieselben Glaubensgrundsätze angeschlossen sind. Der kleine Katechismus Luthers wird in den Einrichtungen der Federação angewandt und von diesen als Reformationsbekenntnis anerkannt.“
Dieser Grundpfeiler des Glaubens der neuen Kirche soll von P. Hermann Dohms anlässlich des 1. Kirchenkonzils der Federação Sinodal, das in in São Leopoldo vom 14. bis 16. Mai 1950 stattfand, folgendermaβen ausgelegt worden sein:
“1 – Die Federação Sinodal ist Kirche Jesu Christi in Brasilien, mit allen daraus zur Verkündung des Evangeliums in diesem Land folgenden Auswirkungen und der Mitverwantwortlichkeit zur Bildung des politischen, kulturellen und wirtschaftlichen Lebens seines Volkes.
2 – Das Glaubensbekenntnis dieser Kirche wird von der Confessio Augustana und dem kleinen Katechismus Martin Luthers bestimmt. Sie gehört den Kirchen an, die durch die Reformation Luthers geformt wurden, und wenn sie die Bezeichnung Kirche an Stelle von ‚Federação Sinodal’ anwendet, was hoffentlich in Bälde geschehen wird, wird sie es in diesem selben Bekenntnis tun.
3 – Als Kirche mit besagtem Glaubensbekenntnis befindet sich die Federação Sinodal in der Gemeinschaft der Kirchen, die im Ökumenischen Rat vertreten sind, welche das Evangelium Jesu Christi, durch die Heilige Schrift bekundet, als einzigen Leitfaden ihres evangelischen Werkes und ihrer Doktrin anerkennt.
4 – Die Federação Sinodal teilt das Glaubensbekenntnis mit der Mutterkirche der Evangelischen Kirche in Deutschland, welche durch ihre Grundorganisation die Gemeinschaft der Evangelischen Christenheit in Deutschland bekundet und sich in die Ordnung der Ökumene einfügt.
Davon ausgehend bat sie um ihre Aufnahme und wurde schon im Jahr 1950 als Mitgliedkirche im Ökumenischen Rat der Kirchen und in 1952 im Lutherischen Weltbund aufgenommen.
Anlässlich des 2. Kirchenkonzils im Jahr 1954 erhielt die Federação Sinodal den Beinamen „Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil“ (Evangelische Kirche Lutherischen Bekenntnisses in Brasilien). Im Jahr 1962 wurde, anlässlich des 4. Kirchenkonzils, der Ausdruck Federação Sinodal gestrichen und nur die Bezeichnung Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil beibehalten.
