A imigração japonesa no Brasil e a presença de famílias identificadas com a confissão luterana fez com que surgisse um trabalho pastoral especialmente voltado para elas. As atividades começaram na década de sessenta do século passado.
A Japan Evangelical Lutheran Church e a Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil sentiram-se chamadas a compartilhar experiências de vida e fé, recursos e necessidades, por isso ambas as igrejas promoveram o intercâmbio de ministros/as, uma oferecendo á outra seus recursos e disponibilidades, colaboração e participação missionária, principalmente, no que se refere ao trabalho missionário entre os japoneses residentes no Brasil.
Em São Paulo, existem a Igreja Luterana Sul Americana e a Comunidade Evangélica Luterana Congregação Japonesa e no Rio Grande do Sul a Colônias Japonesas em Itati, Ivoti e Porto Alegre.
A Igreja Luterana Sul Americana, foi fundada em 12 agosto de 1934, pelo P. Tamokazu Aoki, da Igreja Presbiteriana do Japão. Em 1997 a Comunidade passou a fazer parte da IECLB.
A Comunidade Luterana Japonesa em São Paulo foi fundada em 1964, pelo P. Hiroshi Fujii. Atualmente tem como missionário é o P. Hirotaka Tokuhiro. A Congregação Japonesa de São Paulo prestou durante muitos anos atendimento pastoral às Colônias Japonesas, no Rio Grande do Sul.
