Die erste übergemeinschaftliche Organisation, Synode (was „gemeinsam auf dem Weg“ bedeutet) genannt, wurde im Jahr 1868 unter Anregung Pastor Dr. Hermann Borchards gebildet. Die Evangelische Deutsche Synode der Provinz Rio Grande do Sul währte bis zu ihrer Auflösung im Jahr 1875. Die Struktur war nicht geeignet, da sie grundsätzlich eine Kirche von Pastoren bildete, entgegengesetzt der Erfahrung der Gemeinden in den ersten vierzig Jahren.
Am 20. Mai 1886 gründeten in São Leopoldo/RS, unter der Präsidentschaft von Pastor Dr. Wilhelm Rotermund, die Gemeinden von São Leopoldo/Lomba Grande, São Sebastião do Caí, Santa Cruz do Sul, Mundo Novo (Igrejinha), Santa Maria (da Boca do Monte), Baumschneis (Dois Irmãos) und Teutônia, die Rio-Grandenser Synode. Die Gründung war die Folge einer intensiven vorherigen Tätigkeit, bei welcher besagter Pastor eine wichtige Rolle spielte, wie z. B. die Herausgabe von Schriften, Zeitungen und Kalenderbüchlein, um die Evangelische Identität der Gemeindemitglieder zu festigen.
Unter der Präsidentschaft von Pastor Otto Kuhr gründeten 5 Gemeinden und 11 Pastoren am 9. Oktober 1905 in Estrada da Ilha, in der Gegend von Joinville/SC, die Evangelisch Lutherische Synode von Santa Catarina, Paraná und anderen Ländern Lateinamerikas. Es handelte sich hier um eine Initiative der Pastoren, die vom „Lutherischen Gotteskasten“ aus Deutschland entsandt worden waren. Von Anfang an hatte diese Synode eine stark lutherisch geprägte Bekenntnisidentität.
Einige Jahre später wurde am 6. August 1911 in Blumenau (Santa Catarina), unter der Präsidentschaft von Pastor Walther Mummelthey, die Vereinigung der Evangelischen Gemeinden (später Evangelische Synode von Santa Catarina genannt) gegründet. Anfangs gehörten ihr 10 Gemeinden an.
Am 28. Juni 1912 wurde auch in Rio de Janeiro, unter der Präsidentschaft von Pastor Ludwig Hoepfner, die Evangelische Synode Zentralbrasiliens gegründet. 10 Gemeinden aus den Bundesstaaten Rio de Janeiro, São Paulo, Minas Gerais und Espírito Santo nahmen daran teil.
Durch die Entsendung von Pastoren aus Nordamerika nach Brasilien entstand dann 1904 das Kirchendistrikt der Synode Missouri, welche heutzutage die Evangelisch-Lutherische Kirche von Brasilien (Igreja Evangélica Luterana do Brasil - IELB) bildet.
Aufgabe der Synoden war es, den gemeinsamen Werdegang der Gemeinden zu koordinieren und gemeinsame Aufgaben festzulegen. In dieser Hinsicht waren die Tätigkeiten der Wanderprediger sehr wichtig. Sie besuchten die Gegenden in welchen sich Evangelische befanden, die keine regelmäβige seelsorgerliche Begleitung erhielten. Hinzu kam auch die diakonische Tätigkeit (in Asylen, Waisenheimen, Entbindungsanstalten und Krankenhäusern) und Ausbildung (Ausbildung von Lehrern und Herausgabe von Schulmaterial), sowie die Arbeit mit Frauen (Ordem Auxiliadora de Senhoras Evangélicas – OASE - Evangelische Frauenhilfe) und Jugendlichen (Evangelische Jugend).
Gemeinden von Bahia bis Rio Grande do Sul bildeten die Synoden, und jede hatte eigene Eigenschaften, was das Bekenntnis betraf. Gemein waren die Begleitung und geistliche Betreuung der Evangelisch-Lutherischen, in ihrer Mehrzahl Einwanderer oder Abkommen von Einwanderern und Personen, die innerhalb Brasiliens gewandert waren. Beide Weltkriege beeinträchtigten und erschwerten die Arbeit in den Gemeinden und Synoden. In der Zeit bis zum 2. Weltkrieg erfolgte die pastorale Betreuung gröβtenteils in deutscher Sprache.
Die Synoden versuchten, bei den brasilianischen Obrigkeiten Sprecher der Interessen der Gemeinden zu sein. Der 2. Weltkrieg und die Folgen desselben waren entscheidend zur engeren Mitarbeit unter den Synoden zwecks nationaler Integration.
