Im Laufe der brasilianischen Geschichte gab es immer Menschen, die eine Verbindung zum evangelischen Glauben hatten. Unter den ersten Lutherisch-Evangelischen wären zu nennen: Heliodor Hesse, Gerichtsschreiber in São Vicente/SP, Sohn des deutschen Humanisten Helius Eobano Hesse, ein Freund Martin Luthers, der um 1554 nach Brasilien kam, und Hans Staden, der Lieder von Luther sang und die erste evangelische Kapelle errichtete, als er im Jahr 1554 von indigenen Völkern gefangen gehalten wurde. In Rio de Janeiro wurde auch der erste evangelische Gottesdienst gehalten und in 1558 wurden drei brasilianische evangelische Märtyrer (Calvinisten) hingerichtet. In Sorocaba/SP legte man den ersten protestantischen Friedhof an, als die königliche Familie im Jahr 1811 das erste Stahlwerk gründete.
Die Organisation von Gemeinden erfolgte erst zur Kaiserzeit. Viele waren jedoch die Einschränkungen. Paragraph 5 der Verfassung des Landes besagte: „Die Römisch Katholische Religion bleibt weiterhin die staatliche Religion. Alle anderen Religonen werden geduldet, in Häusern, die hierfür bestimmt sind und keinerlei äuβerliche Anzeichen von Tempeln haben.“ Das heiβt, sie durften keinen Turm, kein Kreuz und keine Glocke haben, nichts, was an eine Kirche erinnern könnte.
Die Schwierigkeiten machten sich auch im zivilen und familiären Leben bemerkbar. Die Ehen der Evangelischen hatten keine Rechtsgültigkeit. Es gab keine standesamtlichen Trauungen. Die Protestanten lebten in „wilder Ehe“, denn um anerkannt zu werden, musste die Ehe von einem Priester geschlossen worden sein. Sogar die Taufen wurden nicht anerkannt. Die Evangelischen, Menschen zweiter Klasse, wurden nur toleriert. Sie hatten Schwierigkeiten, ihre Toten zu beerdigen und durften nicht politische Ämter bekleiden.
In diesem Kontext wurden die ersten Gemeinden gegründet. Am 3. Mai 1824 erreichte eine Gruppe deutscher Evangelischer Nova Friburgo/RJ und eine weitere Gruppe am 25. Juli desselben Jahres São Leopoldo/RS. Beide Gemeinden wurden von Pastoren betreut, die von der brasilianischen Regierung eingestellt worden waren. Dies waren Einzelfälle, denn als später weitere Gemeinden gegründet wurden, sorgte die Regierung nicht mehr für Pastoren.
Die Verbreitung der evangelischen Kirche ist verbunden mit der Einwanderung weiterer Europäer, die hauptsächlich in den drei südlichen Bundesstaaten - Rio Grande do Sul, Santa Catarina und Paraná - angesiedelt wurden. Aber es kamen auch kleinere Gruppen, die nach São Paulo, Rio de Janeiro, Minas Gerais und Espírito Santo gebracht wurden. In Rio de Janeiro, der damaligen kaiserlichen Hauptstadt, wurde die evangelische Gemeinde im Jahr 1827 gegründet. In Santa Catarina erschienen die ersten Gemeinden in Blumenau (1850) und in Dona Francisca (Joinville) (1851).
In den ersten vierzig Jahren waren die evangelischen Gemeinden, die später die IECLB bildeten, sich selbst überlassen. Sie bildeten die Gemeinden auf sehr informelle Weise. Zuerst waren es Hausgottesdienste, danach bildeten sich dann die Gemeinden, es wurden Satzungen angefertigt und Vorstände gewählt. Lutheraner, Reformierte und Vereinigte bildeten zuerst diese Gemeinden.
Da es den Gemeinden nicht erlaubt war, Andachtshäuser mit Aussehen einer Kirche zu bauen, errichteten die Gemeinden Schulen, in welchen auch die Gottesdienste gehalten wurden. Wegen des Mangels an Pastoren wurden unter den Mitgliedern Personen ausgesucht, die eine bessere Ausbildung hatten, und die den Unterricht und die pastorale Betreuung übernehmen konnten. In dieser Hinsicht hatten sie eine enge Verbindung zum allgemeinen Priestertum aller getauften Mitglieder.
Dieser Prozess währte bis 1864, als aus Deutschland in regelmäβigerem Abstand Pastoren nach Brasilien entsandt wurden. Sie wurden von der Preussischen Evangelischen Kirche, der Basler Missionsgesellschaft (Schweiz) und der Evangelischen Gesellschaft in Barmen für protestantische Deutsche in Amerika (Deutschland) geschickt. Bis Ende des 19. Jahrhunderts waren schon verschiedene Gemeinden in den Bundesstaaten Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná, São Paulo, Rio de Janeiro, Minas Gerais und Espírito Santo gegründet worden. Man stellte damals fest, dass ein engerer Kontakt unter den Gemeinden stattfinden sollte. Daraufhin wurde eine regionale Vereinigung gegründet, welche Synode genannt wurde.
